Kaplica Bł. Ks. Jerzego Popiełuszki
Przechodzimy teraz do kaplicy poświęconej błogosławionemu ks. Jerzemu Popiełuszce. Jest to swoista kaplica, która w gablotkach zawiera wiele fotografii, pamiątkowych gadżetów, rysunków z czasu stanu wojennego i innych pamiątek tych trudnych dla Polaków czasów.
Najbardziej cenna jest jednak znana niemal na całym świecie, wykonana przez amatora, fotografia ukazująca ks. Jerzego w czasie ostatniej Mszy Świętej.
Na uwagę zasługuje też replika pomnika ks. Jerzego z kościoła św. Brygidy w Gdańsku, którą ofiarował do muzeum ks. prałat Henryk Jankowski.
Kaplica zawiera tyle pamiątek, że najlepiej zwiedzać ją indywidualnie. Na stoliku znajdują się powielacze, które używane były w czasie stanu wojennego do druków tzw. drugiego obiegu. Tam też wyłożona jest księga pamiątkowa, do której wpisują się nawiedzający Sanktuarium.
Bydgoszcz w ciągu swojej historii wiele razy doznawała prześladowania dla sprawiedliwości. Papież tak o tym mówił:
„W tym stuleciu Bydgoszcz została naznaczona szczególnym znamieniem prześladowania dla sprawiedliwości".
Ilustracją tych tragicznych bydgoskich wydarzeń jest umieszczony przed wejściem do następnej kaplicy zestaw fotografii ilustrujących, oczywiście wyrywkowo, niektóre fakty bestialstwa. Kończą go stare zdjęcia z przedwojennej Bydgoszczy i zdjęcia niektórych nowo wybudowanych kościołów w ostatnich latach w Bydgoszczy, jako dowód, że miasto pomimo różnych kataklizmów żyje Bogiem. 
